夏立科研成果

更新日期：2021年9月26日 姓 名 夏立 性 别 男 出生年月 1981年5月 籍贯 浙江舟山市 民 族 汉族 政治面貌 无党派 最后学历 博士研究生 最后学位 哲学博士 技术职称 教授 导师类别 博导 行政职务 Email lcxia@scut.edu.cn 工作单位 华南理工大学数学学院 邮政编码 510640 通讯地址 广州市天河区五山路381号四号楼311室 单位电话 13587061626 个人主页 http://www2.scut.edu.cn/math/2021/0910/c14582a440780/page.htm 个人简介 夏立，教授，博士（硕士）生导师，国家海外高层次青年人才 （2020）、美国癌症协会博士后会士（2019）、美国癌症研究会培训学者奖（2018）。网球、跑步和科技爱好者。 主要从事统计学，计算机科学，机器学习、人工智能与生物医学大数据和精准医疗交叉学科方向研究。 在《自然-医学》、《核酸研究》、《生物信息学》等国际顶级期刊上发表论文37篇，包括3篇ESI高引论文，11次应邀在美国遗传学年会，美国癌症研究会年会，国际阿氏症协会年会等顶级会议作报告。主持国家海外高层次人才基金，美国癌症信息学创新基金重大项目，美国癌症协会博士后基金等3项。最新论文及引用列表：https://www.scholarmate.com/P/lcxia。联系方式/企业微信号：kuchiyibo 工作经历 2021年7月 - 今                华南理工大学数学学院                           教授2020年1月 - 2021年7月    爱因斯坦医学院(美国纽约)生物统计系       助理教授(长聘轨)2018年8月 - 2020年1月    斯坦福大学(美国加州)医学院                  讲师2018年4月 - 2018年8月    斯坦福大学医学院                                研究员2013年4月 - 2018年4月    斯坦福大学医学院                                博士后 教育经历 2006年8月 - 2013年5月      南加州大学(美国加州)生物信息学     博士(Ph.D.)2011年8月 - 2012年12月     南加州大学数学系统计学               硕士(M.S.)2007年1月 - 2008年5月      南加州大学工程学院计算机科学       硕士(M.S.)2003年9月 - 2006年7月      复旦大学物理系理论物理                理学硕士1999年9月 - 2003年7月      复旦大学电子工程系微电子学          理学学士 获奖、荣誉称号 2020年 国家海外高层次青年人才2018年 美国癌症学会（American Cancer Society）博士后会士2018年 美国癌症研究协会（American Association for Cancer Research）培训学者2016年 阿氏症协会国际年会（Alzheimer's Association International Conference）旅行奖学金2015年 美国人类遗传学会年会（American Society of Human Genetics）评审选择奖2011年 南加州大学 博士论文学年奖学金 （Dissertation Year Fellowship）2006年 南加州大学 荣誉奖学金（Merit Fellowship）1999 – 2003年 复旦大学 人民奖学金3次 社会、学会及学术兼职 美国癌症协会博士后会士 2018 - 今学术会议组织者：Minisymposium co-organizer. International Congress on Industrial and Applied Mathematics (ICIAM 2019), Valencia, Spain, July 2019Program co-chair: computational methods for analyzing metagenomics data workshop within the IEEE Int’l Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM2015), Washington, D.C., 2015学术期刊编委：Editorial Board: Computers in Biology and Medicine (2014-2015), Informatics in Medicine Unlocked (2015-2016) Guest Editor: Evolutionary Bioinformatics (2014-2017), Synthetic and Systems Biotechnology (2019-)学术期刊和会议评审：Conferences: Conference on Research in Computational Molecular Biology (RECOMB), Intelligent Machine in Molecular Biology Conference (ISMB), IEEE Int’l Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM), Asian Pacific Bioinformatics Conference (APBC) Journals: Bioinformatics, Briefings in Bioinformatics, J of Medical Genetics, Database, Plos Medicine, Plos One, BMC Bioinformatics, BMC Research Notes, Microbial Informatics and Experimentation, Frontiers in Microbiology, Statistical Applications in Genetics and Molecular Biology, PeerJ, Statistical Methods in Medical Research, Computers in Biology and Medicine, Evolutionary Bioinformatics 研究领域 研究方向：统计学，计算机科学，机器学习、人工智能与生物医学大数据和精准医疗交叉学科方向研究内容：基于强化学习的智能化多元预测模型和方法、高维度数据分析中的统计和机器学习方法、时间序列关联网络和字符序列的统计方法，医学统计实验设计及分析方法，及它们在生物医学大数据分析和精准医疗中的应用。研究工具：统计模型（概率混合、马链、隐马等），优化算法（梯度下降、信息抽样、期望最大等），机器学习（随机森林、正则回归、支持向量机等）、高级编程语言（R、Python、C/C++等）、算力优化（硬件加速、云化、高性能计算等），医学试验方案，临床对照组、观察、跟踪试验的设计与分析等。 科研项目 主持项目-在研：国家海外高层次人才基金 金额待定 (2021-2023)华南理工大学双一流建设基金 RMB 2,000,000 (2021-2025)主持项目-已结题：美国癌症信息学创新基金重大项目 USD 230,000 (https://www.the-ici-fund.org，2019-2020)美国癌症协会博士后基金 USD 60,000 (项目编号：ACS 132922-PF-18-184-01-TBG，2019-2020)参与项目-在研：中国国家自然科学基金委面上项目 (项目编号：NSFC 61873027，2019-2022)参与项目-已结题中国国家自然科学基金委面上项目 (项目编号：NSFC 61370131，2014-2017) 发表论文 在《自然-医学》、《核酸研究》、《生物信息学》等国际顶级期刊上发表论文37篇，包括3篇ESI高引论文，其中第一/通讯作者论文17篇，共获引用1753次，H指数15（Web Of Science）最新科学论文及引用列表：https://www.scholarmate.com/P/lcxia 出版专著和教材 科学专著：F Sun, LC Xia. Extended local similarity analysis (ELSA) of biological data. in Encyclopedia of metagenomics 2014, ed: Karen E. Nelson. Springer. New York.F Sun, LC Xia. Accurate genome relative abundance estimation based on shotgun metagenomic reads. in Encyclopedia of metagenomics 2014, ed: Karen E. Nelson. Springer. New York. 教学活动 大学课程：在斯坦福大学和爱因斯坦医学院讲授过《生物医学研究中的数量分析方法》、《单细胞免疫组学》等全英文高年级本科生、研究生课程。学术讲座：1. 20 minute long talk. Joint Inference of Clonal Structure using Single-cell DNA-Seq and RNA-Seq data (LC Xia - corresponding author, Xiangqi Bai – first author & presenter). The second workshop on Single-Cell Cancer Genomics (SCANGEN 2020), online conference, Jul 20202. Platform speaker. Integrated whole-genome sequencing and bioinformatics analysis for copy number profiling identifies a recurrent alteration associated with poor survival in stage III colorectal cancer. The Cancer Genomics Consortium Meeting (CGC 2019), Nashville, Tennessee, Aug 20193. Minisymposium speaker. Mixture modeling and network analysis with applications in characterizing human and environmental microbiomes. International Congress on Industrial and Applied Mathematics (ICIAM 2019), Valencia, Spain, July 20194. Seminar speaker. New genome technologies and big-data analytics enable precision medicine. KPMG Health Education Seminar. Klynveld Peat Marwick Goerdeler (KPMG), Santa Clara, California, Jun 2019.5. Original paper speaker. Explore mediated co-varying dynamics in microbial community using integrated local similarity and liquid association analysis. Asian Pacific Bioinformatics Conf. (APBC2019), Wuhan, China, Jan 20196. Seminar speaker. Big-data Genomics for Precision Medicine in Cancer Care. InterMountain Healthcare (IMH), St. George, Utah, Apr 20197. Seminar speaker. Molecular Biomarker Discovery in Colorectal Cancer. InterMountain Healthcare (IMH), St. George, Utah, Apr 20188. Session speaker. Pervasive Chromosomal Instability in Brain-Metastatic Colorectal Cancers – a multi-level analysis of linked read data. Oncology and Hematology Retreat. Stanford University, Pacific Grove, California, Aug 20179. Platform speaker. High performance discovery of complex genome-wide rearrangements with single molecule-based barcoded sequence reads. American Society of Human Genetics Meeting (ASHG2016), Vancouver, Canada, Oct 201610. Original paper speaker. Integrated metagenomic data analysis demonstrates that a loss of diversity in oral microbiota is associated with Periodontitis. 27th International Conference on Genome Informatics (GIW2016), Shanghai, China, Oct 201611. Featured panel speaker. Structural variation (SV) in heterogenous whole-genome sequencing data from 111 families at risk for Alzheimer disease: Alzheimer disease sequencing project SV study. Alzheimer Association International Conference (AAIC2016), Toronto, Canada, Jul 201612. Seminar speaker. High throughput metagenomic data analysis with GRAMMy and ELSA. J Craig Venter Institute (JCVI), San Diego, USA, Jun 2012Original paper speaker. Extended local similarity analysis of microbial community and other time series data with replicates. 22nd International Conference on Genome Informatics (GIW2011), Pusan, Korea, Dec 2011 指导学生情况 欢迎感兴趣的本科、硕士、博士学生和博士后老师加入团队，一起发现新的问题，掌握实用工具，实践解决方案，拓展科学前沿！在读学生：华南理工大学：谢介民（2021级硕士），刘旭东（2021级硕士）已毕业学生及去向：斯坦福大学：白向琦（2020届博士，与中科院联合培养，现为斯坦福大学博士后），Austin Montgomery（2019届学士，与迪克西州立大学联合培养，现为美国宾州州立大学医学院博士研究生），Sukolsak Sakshuwong（2015届硕士，现为斯坦福大学管理工程系博士研究生）华南理工大学（与刘雪梅教授联合指导）：黄管大（2020届硕士，华南理工大学博士研究生），李文（2020届硕士，深圳华为工程师），高丽馨（2019届学士，美国新泽西州立博士研究生），陈培欣（2019届学士），余杰亮（2019届学士）北京科技大学（与艾冬梅教授联合执导）：李晓鑫（2019届硕士，荣获国家奖学金、优秀毕业生、优秀毕业论文）、高迎新（2019届硕士），吴民（2019届硕士），刘刚（2019届硕士），潘鸿飞（2018届硕士），郭曼（2018届硕士），韩荣宝（2018届硕士）、何迪（2017届硕士，美国纽约城市大学博士研究生），李超（2017届硕士），朱江平（2017届硕士），黄若诚（2016届硕士，上海中科普瑞工程师），梁晓一（2016届硕士） 我的团队 华南理工大学  理论与生物物理系 刘雪梅  副教授    北京科技大学 信息与计算科学系 艾冬梅  研究员、高级工程师斯坦福大学 医学院 白向琦 博士后副研究员研究生：谢介民（2021级硕士），刘旭东（2021级硕士）