刘亚东科研成果

基本信息 科学研究 新建主栏目 个人简介 名称 助理教授、硕士生导师、哈工大首届“春雁英才”预留师资 电子邮箱：ydliu@hit.edu.cn 通讯地址： 哈尔滨工业大学科技创新大厦J2005 Github：ydLiu-HIT (github.com) 刘亚东，哈工大计算学部生物信息学研究中心助理教授，硕士生导师。主要研究方向为：大规模群体基因组测序数据比对与变异检测等关键方法研究，面向海量遗传数据的高性能群体遗传分析算法与工作流研发等。以第一作者在Genome Biology，Bioinformatics等生物信息学国际顶级期刊上发表文章十余篇。承担中国博士后科学基金会与黑龙江省博士后面上项目两项，多次参与国家重点研发计划，国家自然科学基金面上项目等。以骨干成员身份参与我国首个大规模基因组研究计划——“中国十万人基因组计划”，研发多项大规模基因组测序数据分析和挖掘的关键技术和方法，构造当前规模最大、变异数量最多的中国人群Reference Panel 教育经历 标题 起讫时间 2016.09-2022.03 所学专业 计算机科学与技术（计算学部） 学习机构 哈尔滨工业大学 学历 博士 简单介绍 标题 起讫时间 2012.09-2016.07 所学专业 信息与计算科学（理学院数学系） 学习机构 哈尔滨工业大学（威海） 学历 本科 简单介绍 工作经历 标题 工作单位 哈尔滨工业大学 计算学部 职位/职称 助理教授 起讫时间 2022.05 - 至今 简单介绍 学术兼职 名称 国际生物信息学和生物医学会议（BIBM） 程序委员 （2022） 中国计算机学会（CCF）生物信息学专委会 委员 Briefings in Bioinformatics 审稿人 Bioinformatics 审稿人 研究方向 名称 生物信息学 基因组大数据分析（序列比对，变异检测，联合变异检测） 转录组大数据分析（RNA-seq序列比对，转录本拼接，Gene-fusion检测） 甲基化检测（基于Transformer深度学习模型的DNA甲基化检测） 学术论文 名称 Liu, Bo, Yadong Liu(并列一作), Junyi Li, Hongzhe Guo, Tianyi Zang, and Yadong Wang. "deSALT: fast and accurate long transcriptomic read alignment with de Bruijn graph-based index." Genome biology 20, no. 1 (2019): 1-14. （中科院一区，IF = 17.906） Liu, Yadong, Tao Jiang, Junhao Su, Bo Liu, Tianyi Zang, and Yadong Wang. "SKSV: ultrafast structural variation detection from circular consensus sequencing reads." Bioinformatics 37, no. 20 (2021): 3647-3649. （中科院一区，IF = 6.937） Liu, Yadong, Tao Jiang, Yan Gao, Bo Liu, Tianyi Zang, and Yadong Wang. "Psi-Caller: A Lightweight Short Read-Based Variant Caller With High Speed and Accuracy." Frontiers in Cell and Developmental Biology (2021): 2139.（中科院二区，IF = 6.684） Liu, Yadong, Liu Zhongyu, Jiang Tao, Zang Tianyi, Wang Yadong. "Comparison of the Nanopore and PacBio sequencing technologies for DNA 5-methylcytosine detection." International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM 2022). (CCF B类会议) Xin Wang, Yadong Liu, Jie Li et al. StackCirRNAPred: computational classification of long circRNA from other lncRNA based on stacking strategy. BMC Bioinformatics 23, 563 (2022). https://doi.org/10.1186/s12859-022-05118-7 Jiang, Tao, Yongzhuang Liu, Yue Jiang, Junyi Li, Yan Gao, Zhe Cui, Yadong Liu, Bo Liu, and Yadong Wang. "Long-read-based human genomic structural variation detection with cuteSV." Genome biology 21, no. 1 (2020): 1-24.（中科院一区，IF = 17.906） Qin, Sitian, Yadong Liu, Xiaoping Xue, and Fuqiang Wang. "A neurodynamic approach to convex optimization problems with general constraint." Neural Networks 84 (2016): 113-124. （中科院区，IF = 8.05） Jiang, Tao, Shiqi Liu, Shuqi Cao, Yadong Liu, Zhe Cui, Yadong Wang, and Hongzhe Guo. "Long-read sequencing settings for efficient structural variation detection based on comprehensive evaluation." BMC bioinformatics 22, no. 1 (2021): 1-17.（中科院二区，IF = 3.307） 科研项目 名称 2022年中国博士后科学基金会第72批面上项目（二等资助），2023-2024，主持 2022年黑龙江省博士后面上项目（二等资助），2023-2024，主持 春雁计划科研启动项目，校级科研启动项目，2023-2025，主持 中国十万人基因组计划，国家重点研发计划，2018-2022，骨干 大规模人类遗传数据管理共享分析平台与关键技术研发，国家重点研发计划，2017-2021，骨干