姜涛科研成果

基本信息 学术成果 学生培养 新建主栏目 基本信息 名称 副教授、硕士生导师 计算机科学与技术学院 院长助理 生物信息技术研究院 院长助理 哈工大首届“小米青年学者” 电子邮箱：tjiang@hit.edu.cn 通讯地址：哈尔滨工业大学科技创新大厦J2011 Github：tjiangHIT (JiangTao) (github.com) 姜涛，哈工大计算学部副教授、硕士生导师，哈工大生物信息技术研究院院长助理，国家重点研发计划“中国十万人基因组计划”总工程师，主要研究方向为基因组大数据分析算法，在Genome Biology、Briefings in Bioinformatics、Bioinformatics等生物信息学顶级期刊发表学术论文二十余篇。研发多个大规模基因组数据分析算法，被基因组科学与生物信息学顶级期刊Nature系列期刊发表的综述论文评价为当前基因组数据分析的代表性算法，并被基因组测序仪巨头Oxford Nanopore Technologies写入官方白皮书，推荐其全球用户使用。主持国家自然科学基金青年项目一项、中国博士后科学基金面上项目一项、黑龙江省自然科学基金面上项目一项、黑龙江省博士后基金面上项目一项。目前担任中国计算机学会生物信息学专委会通讯委员，是中科院一区生物信息学顶级期刊《Briefings in Bioinformatics》、《Bioinformatics》审稿人，《Frontiers in Genetics》、《Frontiers in Bioengineering and Biotechnology》、《Frontiers in Plant Science》等期刊的评论编辑。 每年招收2~3名硕士研究生 欢迎热爱机器学习与算法开发的同学加入，使用计算机武器解密生命遗传密码。 研究方向 基于人工智能技术的基因组大数据解析与挖掘 面向生物组学数据的深度学习技术研发 高性能多模态数据分析工作流研发 教育经历 2014.9—2019.10 哈尔滨工业大学 计算机应用技术 博士（硕博连读） 2010.9—2014.7 哈尔滨工业大学 生物信息技术 学士 工作经历 2023.11—至今 哈尔滨工业大学计算机学院 院长助理 2023.4—至今 哈尔滨工业大学生物信息技术研究院 院长助理 2023.1—至今 哈尔滨工业大学计算学部 副教授 2022.3—至今 黑龙江省基因大数据省级培育协同创新中心 中心助理 2022.3—至今 黑龙江省生物医学信息与系统工程技术研究中心 中心助理 2021.6—至今 哈尔滨工业大学计算学部 硕士生导师 2020.1—至今 国家重点研发计划“中国十万人基因组计划”项目 技术与实施负责人 2019.12—至今 生物大数据教育部重点实验室 实验室助理 2019.10—2022.12 哈尔滨工业大学计算学部 讲师/助理教授 2019.10—至今 哈尔滨工业大学 师资博士后 学术兼职 国家地区科学基金项目评议专家 国家自然基金青年项目评议专家 教育部学位中心学位论文通讯评议专家 中国计算机学会（CCF）生物信息学专委会 通讯委员 国际生物信息学和生物医学会议（BIBM） 程序委员 中国生物工程学会 计算生物学与生物信息学 专委委员 IEEE医学与生物学工程会议（EMBC） 审稿人 Frontiers in Genetics 评论编辑 Frontiers in Bioengineering and Biotechnology 评论编辑 Frontiers in Plant Science 评论编辑 ASHG HGG Advances 审稿人 Briefings in Bioinformatics 审稿人 Bioinformatics 审稿人 Molecular Biology Reports 审稿人 教学经历 《C++语言程序设计》（本科生，40学时） 《人工智能》（本科生，16学时） 《生物大数据程序设计实践》（本科生，32学时） 《医学综合实践I&II》（本科生，24学时） 《基因组变异检测的前沿信息学技术与方法》（本科生，16学时） 哈工大计算学部2023年青年教师教学基本功三等奖（2023.5） 哈工大本科生优秀毕业论文指导教师（2021、2023） 学术报告 名称 会议名称：London Calling 2021 会议地址：英国·伦敦 报告题目：Structural variant detection from long-read sequencing data with cuteSV 视频回放：Tao Jiang - Structural variant detection from long-read sequencing data with cuteSV - Bing video 科研项目 名称 黑龙江省自然科学基金面上项目，2023-2025，主持 2020年黑龙江省博士后面上项目（一等资助），2021-2022，主持 中国博士后科学基金第68批面上项目（二等资助），2021-2022，主持 黑龙江省“头雁计划”项目，骨干 青年科学基金项目，国家自然科学基金，2021.1-2023.12，主持 师资博士后科研启动项目，校级科研启动项目，2020.7-2022.6，主持 生物大数据重点实验室开放基金，校内重点实验室自主课题，2019.9-2020.8，参与 大规模人类遗传数据管理、共享、分析平台与关键技术研发，国家重点研发计划，2017.11-2021.4，参与 精准医学知识库管理与共享平台开发，国家重点研发计划，2016.7-2021.6，参与 医疗信息集成融合技术与系统开发，国家科技部863计划，2012.1-2015.12，参与 数字化医疗工程技术开发，国家科技部863计划，2012.9-2015.9，参与 学术论文 名称 2024 [22] Z Zhang, T Jiang (并列一作), G Li, S Cao, Y Liu, B Liu, Y Wang. (2024). Kled: an ultra-fast and sensitive structural variant detection tool for long-read sequencing data. Briefings in Bioinformatics 25 (2), bbae049. (中科院一区，IF=9.5) [21] Xinran Cui, Qingyan Lin, Ming Chen, Yidan Wang, Yiwen Wang, Yadong Wang, Jiang Tao（通讯）, Honglei Yin, Tianyi Zhao. Long-read sequencing unveils novel somatic variants and methylation patterns in the genetic information system of early lung cancer. (2024). Computers in Biology and Medicine 171(10299):108174. （中科院二区，IF=7.7） 2023 [20] P Meng, G Wang, H Guo, T Jiang（通讯）, Identifying cancer driver genes using a two-stage random walk with restart on a gene interaction network. (2023). Computers in Biology and Medicine 158, 106810. （中科院二区，IF=7.7） [19] Yadong Liu, Zhenhao Lu, Zhongyu Liu, Hongzhe Guo, Yadong Wang, and Tao Jiang（通讯）, Comprehensive evaluation of RNA-seq alignment methods based on long-read sequencing data. BIBM2023.（CCF B类会议） [18] Tao Jiang, Shiqi Liu, Hongzhe Guo. Reply: Correspondence on NanoVar’s performance outlined by Jiang T. et al. in ‘Long-read sequencing settings for efficient structural variation detection based on comprehensive evaluation’. (2023). BMC bioinformatics 24 (1), 352. (中科院二区， IF=3.307） [17] Anqi Zhang, Tangchao Kong, Baiquan Sun, Shizheng Qiu, Jiahe Guo, Shuyong Ruan, Yu Guo, Jirui Guo, Zhishuai Zhang, Yue Liu, Zheng Hu, Tao Jiang, Yadong Liu, Shuqi Cao, Shi Sun, Tingting Wu, Huilong Hong, Bingjun Jiang, Maoxiang Yang, Xiangyu Yao, Yadong Wang, A telomere-to-telomere genome assembly of Zhonghuang 13, a widely-grown soybean variety from the original center of Glycine max. (2023).The Crop Journal. （中科院一区，IF=4.6） [16] Pir Noman Ahmad, Yuanchao Liu, Khalid Khan, Tao Jiang and Umama Burhan. BIR: Biomedical Information Retrieval System for Cancer Treatment in Electronic Health Record Using Transformers. Sensors 2023, 23(23), 9355.（中科院三区，IF=3.9） 2022 [15] Tao Jiang, Shiqi Liu, Shuqi Cao, Yadong Wang. (2022). Structural Variant Detection from Long-Read Sequencing Data with cuteSV. In: Ng, C., Piscuoglio, S. (eds) Variant Calling. Methods in Molecular Biology, vol 2493. Humana, New York, NY. (Springer著作) [14] Yadong Liu, Zhongyu Liu, Tao Jiang（通讯）, et al. Comparison of the Nanopore and PacBio sequencing technologies for DNA 5-methylcytosine detection. BIBM2022.（CCF B类会议） [13] Hongzhe Guo., Z. Yang, Tao Jiang. et al. Evaluation of classification in single cell atac-seq data with machine learning methods. BMC Bioinformatics 23 (Suppl 5), 249 (2022). (中科院二区， IF=3.307） 2021 [12] Tao Jiang, Shiqi Liu, Shuqi Cao, Yadong Liu, Zhe Cui, Yadong Wang, Hongzhe Guo. Long-read sequencing settings for efficient structural variation detection based on comprehensive evaluation. BMC Bioinformatics 22 (1), 2021, 1-17. (中科院二区， IF=3.307） [11] Yadong Liu, Tao Jiang (并列一作), Junhao Su, Bo Liu, Tianyi Zang, Yadong Wang, SKSV: ultrafast structural variation detection from circular consensus sequencing reads, Bioinformatics, 2021, btab341. （中科院一区， IF=6.931） [10] Gaoyang Li, Tao Jiang (并列一作), Junyi Li, Yadong Wang. PanSVR: Pan-Genome Augmented Short Read Realignment for Sensitive Detection of Structural Variations. Frontiers in Genetics, 2021, 1486. （中科院二区， IF=4.772） [9] Yadong Liu, Tao Jiang (并列一作), Yan Gao, Bo Liu, Tianyi Zang, Yadong Wang. Psi-Caller: A Lightweight Short Read-Based Variant Caller With High Speed and Accuracy. Frontiers in Cell and Developmental Biology, 2021, 2139. （中科院二区， IF=6.684） [8] 曹舒淇，刘诗琦，姜涛（通讯），群体基因组结构变异检测工作流，生物信息学，Vol 19（4），2021，DOI: 10.12113/202106001 [7] Cui Zhe, Cui Ya, Gao Yan, Jiang Tao, Zang Tianyi, Wang Yadong. Enhancement and Imputation of Peak Signal Enables Accurate Cell-Type Classification in scATAC-seq. Frontiers in Genetics. 12, 345, 2021. ISSN=1664-8021.（中科院二区，IF=4.772） 2020 [6] Tao Jiang, Yongzhuang Liu, et al. Long-read-based human genomic structural variation detection with cuteSV. Genome Biol 21, 189 (2020). （中科院一区， IF=17.906） [5] Zhe Cui, Bo Liu, Liran Juan, Tianyi Zang, Tao Jiang, and Yadong Wang, "Assessment of Machine Learning Methods for Classification in Single Cell ATAC-seq," 2020 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM), 2020, pp. 412-416. （CCF B类会议） 2019 [4] Tao Jiang, Bo Liu, Junyi Li, Yadong Wang, rMETL: sensitive mobile element insertion detection with long read realignment, Bioinformatics, Volume 35, Issue 18, 15 September 2019, Pages 3484–3486.（中科院一区， IF=6.931） [3] Tao Jiang, Yilei Fu, Bo Liu and Yadong Wang, "Long-Read Based Novel Sequence Insertion Detection With rCANID," in IEEE Transactions on NanoBioscience, vol. 18, no. 3, pp. 343-352, July 2019. （中科院三区，IF=3.206） 2018 [2] Yilei Fu, Tao Jiang (并列一作), Bo Liu and Yadong Wang, "rCANID: read Clustering and Assembly-based Novel Insertion Detection tool," 2018 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM), 2018, pp. 219-226, doi:10.1109/BIBM.2018.8621105. （CCF B类会议） 2017 [1] Bo Liu, Tao Jiang (并列一作), S M Yiu, Junyi Li, Yadong Wang, rMFilter: acceleration of long read-based structure variation calling by chimeric read filtering, Bioinformatics, Volume 33, Issue 17, 01 September 2017, Pages 2750–2752. （中科院一区， IF=6.931） 专利 专利名称 一种基于三代测序的基因组结构变异基因型校正方法 专利号 ZL202211476499.4 发明人 曹舒淇;姜涛;刘博;王亚东 申请时间 2022 专利类别 发明 简单介绍 专利名称 一种三代群体基因组结构变异联合检测方法 专利号 ZL202211287317.9 发明人 姜涛;曹舒淇;刘博;王亚东 申请时间 2022 专利类别 发明 简单介绍 专利名称 一种基于比对框架的三代测序数据结构变异检测方法 专利号 ZL202211366609.1 发明人 刘亚东;姜涛;李杨;刘博;王亚东 申请时间 2022 专利类别 发明 简单介绍 学生培养 名称 每年面向计算机、人工智能、生物信息学等方向招收2-3名硕士研究生。 欢迎热爱生物信息与算法开发的本科同学加入。 联系方式：tjiang@hit.edu.cn 在读博士研究生（协助指导） 张振东 2016级 主要研究个体基因组结构变异检测算法 李 杨 2021级 主要研究群体基因组甲基化修饰图谱构建与分析 曹舒淇 2021级 主要研究群体基因组变异检测算法 崔鑫然 2022级 主要研究癌症基因组标志物发现方法 刘忠宇 2023级 主要研究三代甲基化修饰检测算法 在读硕士研究生 李 欣 2023级 本科就读于西北工业大学 杨忠博 2023级 哈工大计算学部保研 在读本科生 周祖吉 2020级 哈工大计算学部 吕俊增 2021级 哈工大未来技术学院 武传敏 2021级 哈工大计算学部 于宏扬 2021级 哈工大未来技术学院 陈正康 2023级 哈工大未来技术学院 杜飞仪 2023级 哈工大未来技术学院 刘俊麟 2023级 哈工大未来技术学院 毕业硕士研究生（协助指导） 刘忠宇 2023届 哈尔滨工业大学 推荐攻博 刘诗琦 2023届 浙江省杭州市人民检察院 选调生 吴志彪 2020届 北京京东世纪贸易有限公司（京东） 推荐算法工程师 廖小青 2020届 北京嘀嘀无限科技发展有限公司（滴滴） 高级算法工程师 程乾龙 2018届 联想研究院（联想） 算法研究员 毕业本科生 蒋婷婷 2023届 曼彻斯特大学/南洋理工大学 攻读硕士（获得优秀本科毕业论文） 王熙乾 2023届 华为AMS集成验证部 软件工程师 张秉龙 2022届 陈少杰 2022届 科大讯飞 算法工程师 曹舒淇 2021届 哈尔滨工业大学 直博（获得优秀本科毕业论文） 刘诗琦 2021届 哈尔滨工业大学 保研 杜晴雪 2021届 付译磊 2019届 莱斯大学 攻读博士 典型代表 付译磊： 在CCF B类会议发表会议论文一篇 在IEEE Trans期刊发表期刊论文一篇 曹舒淇： 研发算法用于“中国十万人基因组计划” 获得2021年度CCF优秀大学生 2021年获得校优秀本科毕业设计 刘诗琦： 在中科院二区期刊发表期刊论文两篇 在中国科技核心期刊发表期刊论文一篇 刘忠宇： 在CCF B类会议发表会议论文一篇