倪鹏

个人简介 倪鹏，讲师，硕士生导师。博士毕业于中南大学计算机学院，获2023年ACM中国“优秀博士论文奖”（全国2人入选）。主持和参与国家自然科学基金、国家重点研发计划项目等多项。在Nature Communications、Bioinformatics等生物信息学领域权威期刊发表论文多篇。 【研究方向】三代长读数测序数据分析，主要利用人工智能、统计学理论和方法解决甲基化模式发现、基因组组装和基因组序列模式挖掘等问题。 【硕士招生】每年招收2-3名硕士研究生，本人对学生认真负责，团队有充足计算资源，会在学校政策允许范围内给予科研补助，欢迎对生物信息计算、人工智能感兴趣的同学与我联系（邮箱：nipeng@csu.edu.cn）。 代表性论文 1. Fan Nie#, Peng Ni#, Neng Huang, Jun Zhang, Zhenyu Wang, Chuan-Le Xiao*, Feng Luo*, Jianxin Wang*. De novo diploid genome assembly using long noisy reads. Nature Communications 15 (2024): 2964.  (共同第一作者; Nature子刊；SCI; JCR 1 区; IF=16.6)  2. Peng Ni#, Fan Nie#, Zeyu Zhong, Jinrui Xu, Neng Huang, Jun Zhang, Haochen Zhao, You Zou, Yuanfeng Huang, Jinchen Li, Chuan-Le Xiao*, Feng Luo*, and Jianxin Wang*.  DNA 5-methylcytosine detection and methylation phasing using PacBio circular consensus sequencing. Nature Communications 14 (2023): 4054. (共同第一作者; Nature子刊；SCI; JCR 1 区; IF=16.6)  3. Peng Ni, Neng Huang, Fan Nie, Jun Zhang, Zhi Zhang, Bo Wu, Lu Bai, Wende Liu, Chuan-Le Xiao*, Feng Luo*, and Jianxin Wang*. Genome-wide detection of cytosine  methylations in plant from Nanopore data using deep learning. Nature Communications 12 (2021): 5976. (SCI; Nature子刊；JCR 1 区; IF=16.6)  4. Peng Ni, Jianxin Wang*, Ping Zhong, Yaohang Li, Fang-Xiang Wu, and Yi Pan. Constructing Disease Similarity Networks Based on Disease Module Theory.  IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics 17, no. 03 (2020): 906-915. (SCI; JCR 1 区; IF=3.710)  5. Peng Ni#, Neng Huang#, Zhi Zhang, De-Peng Wang, Fan Liang, Yu Miao, Chuan-Le Xiao*, Feng Luo*, and Jianxin Wang*. DeepSignal: detecting DNA methylation state  from Nanopore sequencing reads using deep-learning. Bioinformatics 35, no. 22 (2019): 4586-4595. (共同第一作者; SCI; JCR 1 区; IF=6.937) 更多见谷歌主页https://scholar.google.com/citations?user=tltvcWMAAAAJ&hl=en  参与科研课题 基于第三代测序数据的5mC甲基化修饰检测方法研究 (国家自然科学基金青年项目，主持) 三代测序数据组装和模式挖掘基础理论与高效算法（国家自然科学基金重点项目，参与） 复杂生物医学数据处理方法及应用研究（国家自然科学基金联合基金重点项目，参与） 单倍型群体基因组组装及其疾病关联分析方法研究（国家自然科学基金专项项目，参与） 教育经历 [1]   2017.9-2022.11 中南大学  |  计算机科学与技术  |  博士  |  博士研究生毕业 [2]   2014.9-2017.5 中南大学  |  计算机科学与技术  |  硕士  |  硕士研究生毕业 [3]   2010.9-2014.6 山东大学  |  计算机科学与技术  |  学士  |  大学本科毕业 工作经历 [1]   2023.1-至今 中南大学  |  计算机学院 研究方向 [1]  生物信息学