廖兴宇

综合介绍 General Introduction 廖兴宇， 西北工业大学计算机学院副教授，硕士生导师。2019年毕业于中南大学计算机科学与技术专业，获工学博士学位。2019年11月至2023年7月在沙特阿卜杜拉国王科技大学 (King Abdullah University of Science and Technology, KAUST) 从事博士后研究。其研究领域为计算机科学与生物医学的交叉学科-生物信息学 (Bioinformatics)，研究方向为测序数据质量控制、基因组序列组装、基因组结构变异检测、基因组重复序列检测及其与复杂疾病的关联分析、单细胞多组学、基因编辑、Deep learning等。目前主持国家自科基金（青年），中央高校基本科研业务费用资助项目，湖南省自科基金（青年），沙特Impact Acceleration Program项目（经费：10万美元），中南大学研究生自主探索创新项目各一项，作为主要成员参与筹建生物信息学湖南省重点实验室(https://bio.csu.edu.cn/info/1011/1130.htm)，并参与完成国家重点研究计划、国家自科基金(重点项目)等课题多项。已发表学术论文20余篇，涵盖了领域内重要期刊Nature Communications，Communications Biology，Genome Research，Nucleic Acids Research，Bioinformatics，IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatic (TCBB)  以及知名国际会议 BIBM，GIW。相关研究成果申请专利4项（国际1项，国内3项，其中两项已经授权）。目前分别为IEEE/ACM/CCF/IEEE Young Professionals成员，并分别担任国家自然科学基金（青年项目）、 湖南省自科基金（青年项目）通讯评审专家，CCF B类国际会议IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM)的Program Committee Member，知名生物信息学杂志Frontier in Genetics和 Current Bioinformatics的Guest editor，以及包括：Bioinformatics，Expert Systems With Applications，IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatic (杰出审稿人)，Biomedical Signal Processing and Control, BMC Bioinformatics, Frontier in Genetics，Frontier in Molecular Biosciences, Current Bioinformatics, Genes, Journal of Bioinformatics and Computational Biology, Physiological and Molecular Plant Pathology等10多种SCI期刊审稿人。 个人相册

教育教学

个人经历 personal experience 工作经历 2015年9月-2019年6月，  中南大学，  计算机学院，  计算机科学与技术专业，  工学博士， 导师：王建新教授2019年11月 - 2023年7月，  King Abdullah University of Science and Technology (KAUST),  Computer, Electrical and Mathematical Sciences and Engineering Division，Postdoctoral Research Fellow， 导师：高欣教授2023年8月- 至今， 西北工业大学，计算机学院，副教授

荣誉获奖

教育教学 Education and teaching 招生信息 招生方向：生物信息学、大数据挖掘、人工智能等。联系方式：liaoxingyu@nwpu.edu.cn 优势：1）将充分结合学生的特长和兴趣制定详实的研究计划，并亲自深入指导研究方案设计、实验、论文撰写、专利申请、毕业设计等；2）对于发表领域内高水平期刊和会议论文的学生，将提供额外的科研奖励并资助出国开会、交流学习；3）与国内外多个科研机构建立了合作关系，将积极协助、推荐优秀学生海外访学、交流、联合培养、开展博士后研究；3）将积极协助、推荐优秀毕业生去工业界知名IT公司就业。每年招收3-5名有志于继续深造的优秀本科生（可提前开展本科毕设相关研究工作），优先考虑有志于保研国内top高校或出国的同学，希望能在实验室工作一年以上并且每周能保证一定的工作时长。备注：1）对于发表过领域内高水平期刊和会议论文的学生，请在邮件或简历中注明发表期刊/会议，年份，期卷号信息；2）请对图论和数据结构有浓厚兴趣、且具有扎实C/C++编程功底的学生在简历或者邮件中特别注明；3）对于承担和参与过项目研发的学生，请在邮件或简历中描述项目经历、个人分工、采用的技术手段、达到的效果；4）请在邮件中简要描述对未来研究工作的规划和设想。----------------------------------------------------------------------------------------------------课程教学：1） 本科生课程：     《数据结构（双语）》， U10M1305， 56学时， 3.5学分， 大类平台课程（必修，考试）2）研究生课程：     《人工智能应用技术》，M10L11008， 32学时， 2.0学分， 专业选修课程

科学研究

科研成果 Scientific research results 论文成果 专利成果 其他成果 [1] A unified method to revoke the private data of patients in intelligent healthcare with audit to forget [J]. Nature Communications (中科院1区，Nature子刊) , 6255, 2023 [2] A comprehensive benchmarking with practical guidelines for cellular deconvolution of spatial transcriptomics [J]. Nature Communications (中科院1区，Nature子刊) , 1548, 2023 [3] Accurate transcriptome-wide identification and quantification of alternative polyadenylation from RNA-seq data with APAIQ [J]. Genome Research (中科院1区，TOP期刊), 33, 2023 [4] Current challenges and solutions of de novo assembly [J]. Quantitative Biology (JCR Q2), 7, 2019 [5] De novo repeat detection based on the third-generation sequencing reads [C]. IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (CCF-B类国际会议), 18-21, 2019 [6] LCAT: an isoform-sensitive error correction for transcriptome sequencing long reads [J]. Frontiers in Genetics (JCR Q2), 14, 2023 [7] RepAHR: an improved approach for de novo repeat identification by assembly of the high-frequency reads [J]. BMC Bioinformatics (JCR Q1，CCF-C类期刊), 21, 2020. [8] EPGA-SC: A framework for de novo assembly of single-cell sequencing reads [J]. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics ( JCR Q1，CCF-B期刊), 18(4), 2021 [9] An Efficient Trimming Algorithm based on Multi-Feature Fusion Scoring Model for NGS Data [J]. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics ( JCR Q1，CCF-B期刊), 17(3), 2020 [10] Improving de novo Assembly Based on Read Classification [J]. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics ( JCR Q1，CCF-B期刊), 17(1), 2020 [11] msRepDB: a comprehensive repetitive sequence database of over 80,000 species [J]. Nucleic Acids Research (中科院1区，TOP期刊), gkab1089, 2022 [12] A sensitive repeat identification framework based on short and long reads[J]. Nucleic Acids Research (中科院1区，TOP期刊), gkab563, 2021 [13] Repetitive DNA sequence detection and its role in the human genome[J]. Communications Biology (中科院1区，Nature子刊) , 6(954), 2023 [1] Xingyu Liao, Juexiao Zhou, Xin Gao.A high-precision identification method of tandem repeat expansion based on refined alignment and deep learning(国际专利), [2] 李敏，唐丽，廖兴宇，王建新.基于邻接代数模型及质量等级评估的contig集成方法(201910473254.8), [3] 王建新，张先凯，廖兴宇，李敏，李洪东.一种基于高通量测序读数的重复DNA 序列识别方法(201910428254.6), [1] 廖兴宇.中央高校基本科研业务费资助项目(G2023KY05111).2023-09-11~2025-08-31 [2] Xingyu Liao.KAUST Impact Acceleration Program 2021(IAF2021-3).2021-03-01~2022-03-01 [3] 廖兴宇.转录组三代测序读数自纠错算法研究 （湖南省自然科学基金(青年项目)),(2021JJ40787).2021-01-01~2023-12-31 [4] 廖兴宇.基于Nanopore测序和多源数据融合策略的基因组大型结构变异检测方法研究 (国家自然科学基金(青年项目))(62002388).2021-09-01~2022-12-31

学术成果

团队信息 Team Information 大数据管理与存储工业与信息化部重点实验室 ，负责人：李战怀教授数据挖掘和生物信息实验室，负责人：尚学群教授/院长

综合介绍

社会兼职 Social Appointments [1] IEEE / ACM / CCF / IEEE Young Professionals 会员[2] CCF-B类国际会议IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM) 的 Program Committee Member[3] 国际生物信息学杂志 Frontier in Genetics 和Current Bioinformatics 的 Guest editor[4] 国家自然科学基金（青年项目）、 湖南省自科基金（青年项目）通讯评审专家