李依明

教师主页 团队成员 科研项目 研究领域 学术成果 教学 科研分享 新闻动态 疼痛医学中心 成果介绍 软件 毕业去向 加入我们 联系我们 李依明 Google Scholar ResearcherID 副教授 生物医学工程系   课题组网站 李依明，2009年于上海交通大学获生物医学工程系学士，2010年获海德堡大学医学物理硕士，2015年获卡尔斯鲁厄理工学院博士学位。之后获得EMBL-玛丽居里博士后奖学金，在欧洲分子生物学实验室总部和耶鲁大学任职博士后研究员和访问学者（2016-2019）。现为南方科技大学生物医学工程系副教授，博士生导师。长期致力于研究三维超高分辨显微成像技术及其生物应用，在光学仪器研发，光学理论和成像算法等方面积累了坚实的理论基础以及实验经验。迄今，以第一/通讯作者在Nature Methods、Nature Communications、Optics Letters等国际权威期刊发表多篇论文，于2020年获得国家海外高层次人才（青年项目），并入选“深圳市海外高层次人才B类”，并长期担任Nature Methods、 Light: Science & Applications、Optics Letters等期刊的审稿人。目前和包括来自EMBL，耶鲁大学，牛津大学和剑桥大学等多个实验室有合作关系。 个人简介 教育背景 2010年-2015年 卡尔斯鲁厄理工学院应用物理系 博士 2009年-2010年 海德堡大学-医学物理硕士 2005年-2009年 上海交通大学-生物医学工程 本科   工作经历 2019-至今 南方科技大学生物医学工程系， 副研究员 2016年-2019年 欧洲分子生物实验室海德堡总部，博士后 2016.02-2016.09 耶鲁大学，访问学者   荣誉及奖励 2013年 International Symposium on Biomedical Imaging Travel Grant 2010-2013年 Karlsruhe school of optics and photonics fellowship 2016-2019 年 EIPOD-Marie Curie Postdoc Fellowship 个人简介 研究领域 荧光显微成像技术由于其具有非常高的分子特异性和非侵入式成像能力，已经成为细胞生物学里最广泛应用的技术。由于光的衍射，传统的荧光显微镜的分辨率极限大约是发射的荧光的波长的一半，只有250 nm左右。超分辨显微成像（PALM/STORM）技术由于其为细胞分子生物学研究提供了一个全新的研究窗口，在2006年被提出之后的不到十年内，就于2014年获得了诺贝尔奖。超分辨显微成像技术已经使光学显微的分辨率推进到纳米级别，这让荧光显微镜来分析纳米生物结构成为可能。目前大部分三维超分辨显微技术的轴向分辨一般只有40-70 nm，此精度不足以分辨很多生物大分子，因为大部分分子机器的尺寸小于100 nm。我们的目标是对目前的超分辨显微成像技术从软件，硬件和生物样品制备方向开展前沿性研究，提高超分辨显微镜的实际分辨率（至少达到三维各向10 nm以下）和多色成像功能，使其成为在单细胞里原位（in situ）做结构生物学的重要工具。我们的研究领域包括: 1. 三维超分辨显微成像 2. 自适应光学 3. 生物医学图像处理 4. 光电联合成像 教学 医学数字图像处理 自适应光学 学术成果 查看更多 代表性文章：  Sheng Liu #, Jianwei Chen#, Jonas Hellgoth, Lucas-Raphael Müller, Boris Ferdman, Christian Karras, Dafei Xiao, Keith A. Lidke, Rainer Heintzmann, Yoav Shechtman, Yiming Li*, Jonas Ries*. Universal inverse modelling of point spread functions for SMLM localization and microscope characterization. Nature Methods (2024), Accepted Shuang Fu, Wei Shi, Tingdan Luo, Yingchuan He, Lulu Zhou, Jie Yang, Zhichao Yang, Jiadong Liu, Xiaotian Liu, Zhiyong Guo, Chengyu Yang, Chao Liu, Zhen-li Huang, Jonas Ries, Mingjie Zhang, Peng Xi, Dayong Jin & Yiming Li. Field-dependent deep learning enables high-throughput whole-cell 3D super-resolution imaging. Nature Methods(2023). Related code: https://github.com/Li-Lab-SUSTech/FD-DeepLoc  Shuang Fu, Mengfan Li, Lulu Zhou, Yingchuan He, Xin Liu, Xiang Hao, Yiming Li. Deformable Mirror based Optimal PSF Engineering for 3D Super-resolution Imaging. Optics Letters, 47, 3031,(2022). Related code: https://github.com/Li-Lab-SUSTech/DM_based_PSF_optimization Yiming Li#, Wei Shi, Sheng Liu, Ulf Matti, Decheng Wu, Jonas Ries#.  Global fitting for high-accuracy multi-channel single-molecule localization. Nature Communications, 13, 3133, (2022). Related code: https://github.com/Li-Lab-SUSTech/GlobLoc  Jianwei Chen, Benxi Yao, Zhichao Yang, Wei Shi, Tingdan Luo, Peng Xi, Dayong Jin, Yiming Li. Ratiometric 4Pi single molecule localization with optimal resolution and color assignment. Optics Letters, 47, 325, (2022). Related code: https://github.com/Li-Lab-SUSTech/Ratiometric-4Pi  Yiming Li, Markus Mund, Philipp Hoess, Joran Deschamps, Ulf Matti, Bianca Nijmeijer,Vilma Jimenez Sabinina, Jan Ellenberg, Ingmar Schoen, Jonas Ries. Real-time 3D single-molecule localization using experimental point spread functions. Nat. Methods. 15, 367-369, (2018). Related code: https://github.com/Li-Lab-SUSTech/fit3Dcspline Our Software: https://faculty.sustech.edu.cn/?p=154090&tagid=liym2019&cat=79&iscss=1&snapid=1 Our Gallery: https://faculty.sustech.edu.cn/?p=153955&tagid=liym2019&cat=79&iscss=1&snapid=1 新闻动态 更多新闻 成像通量提升100多倍，南科大团队研发高通量成像深度学习框架，实现全细胞的三维超分辨成像 2023-04-18 Nat Methods︱南科大生医工李依明课题组在三维全细胞大视场高通量超分辨成像取得新进展 2023-02-24 Nat Commun︱李依明/Jonas Ries团队合作提出一种多通道全局拟合方法用于三维单分子定位 2022-06-17 团队成员 查看更多 PrevNext UpDown 加入团队 一、博士后招聘仪器设计方向1.获得物理，光学工程、计算机、生物医学工程、机械工程或其它相关专业博士学位2.具有以下任一领域专长：图像处理、硬件控制软件开发、机械设计、光学显微成像技术开发3.熟练掌握至少一种以下或具备相同功能软件：Matlab、C/C++、Python、Labview、Java、Zemax、SolidWorks4.拥有显微成像技术，如PALM/STORM、SIM、Light Sheet Microscopy、STED等技术相关开发经验优先 生物医学方向1.获得生物工程、生物医学工程、生物技术、生物化学或其它相关专业博士学位2.具有以下任一领域专长：分子生物学、细胞生物学、生物化学方向的丰富研究经验，熟练掌握哺乳动物细胞培养、免疫荧光、荧光蛋白标记、小分子荧光探针标记，DNA-PAINT、FISH等技术3.拥有超分辨显微成像技术，如PALM/STORM、SIM、Light Sheet Microscopy、STED等使用经验者优先 岗位待遇：（1）年薪不低于27万人民币，其中含深圳市财政生活补贴支持18万元/年（免税）和学校住房补贴。特别优秀者可以申请校长卓越博士后奖，年薪30万元（2）享受住房补贴以及医疗、养老、工伤等社会保险；享受过节费、餐补、计划生育奖励、高温补贴、免费体检等福利（3）学校为每位博士后提供每两年2.5万元的资助用于学术交流(含国际会议)，支持作为项目负责人申请各项研究基金（4）出站留深工作满3年，符合深圳市后备级条件的可获80-100万元的住房补贴和可申请30万元科研启动经费（5）海外博士或具有一年以上留学经历留深工作可以申请深圳市孔雀计划160-200万住房补贴（6）条件优秀、有高校工作经历、博士后经历者也可以申请研究副教授或助理教授职位，年薪35万起  二、研究助理招聘要求：物理，光学工程，生物医学工程，生物工程等相关专业本科或硕士毕业，有攻读博士学位意愿的候选人优先，已发表SCI论文者优先岗位待遇：月薪5000-7000元（本科）或7000-9000元（硕士）享受过节费、每月餐补福利待遇；享受基本养老保险、基本医疗保险、失业保险、工伤保险、生育保险、住房公积金及住房补贴待遇接受即将毕业的优秀本科生及硕士生来课题组做毕业设计论文，接受访学学生（本科生、硕士生、博士生）来课题组学习交流，来组做毕业论文或访问学习提供生活补助表现优秀者可以申请南科大和国外(境外)大学合作培养研究生项目或南科大和国内(境内)一流大学合作培养的研究生项目，同时有机会被推荐至国际一流大学进行访问学习 三、博士/硕士研究生要求物理，光学工程、计算机、生物医学工程、机械工程等背景，具备较强编程能力者优先。课题组将积极提供海外交流学习机会，有机会申请与新加坡国立大学、香港科技大学、英国利兹大学等高校的联合培养项目。南科大将为入选者提供优厚的奖学金，硕士约5万/年，博士约10万/年（境外联培项目按照境外奖学金额度资助，授予境外大学学位）。特别优秀者有机会被推荐至欧美等知名学府进行交流学习。 四、联系方式个人简历+应聘岗位+发表文章请发送至：liym2019@sustech.edu.cn。来信时请注明可到岗时间。个人信息严格保密。谢谢您的关注！ 查看更多 联系我们 联系地址 广东省深圳市南山区学苑大道1088号 办公电话 电子邮箱 liym2019@sustech.edu.cn